En el apogeo de su carrera, los miembros de Petra eran cautelosos de repetir la fórmula que había servido tan bien desde mediados de los ‘80. Buscando una manera de cambiar de dirección musicalmente, la banda contrató a un ingeniero externo por primera vez, trayendo a Neil Kernon, quien había trabajado anteriormente con Kansas, Elton John y Peter Gabriel. Para “Unseen Power” (1991), el grupo trajo junto con su habitual sonido de hard rock, coros gospel y algo de blues.
Por primera vez, un disco de Petra era distribuido por una compañía discográfica secular, Epic Music. Y aunque el avance hacia el ámbito secular nunca llegó, el álbum fue un éxito, lo que le permitió a Petra superar los 6 millones de discos vendidos desde su inicio, la mayor cantidad de discos vendidos de un artista cristiano en ese momento.
En 1992, Petra reversiona las canciones de “Petra Praise” al español y lanza “Petra En Alabanza”. Este disco los hizo conocidos por toda Latinoamérica, haciéndoles ganar millones de adeptos de habla hispana.
Luego, la banda tomó un descanso de un año para retornar en 1993 con “Wake Up Call”. Petra continuó renovando su estilo, rompiendo con los hermanos Elefante después de seis discos.
“Wake Up Call” trajo el primer cambio significativo de la banda con respecto al estilo de la década pasada, incluyendo menos pistas de rock y entregando más baladas y canciones de medio tiempo. A pesar del éxito, se avecinaban nuevos cambios. Cuando la banda concluyó su gira mundial en 1994, Hartman, el único miembro fundador, decidió retirarse de la gira. Una era había terminado.
Una vez más, los rumores se arremolinaban sobre la inminente desaparición de la banda. Lawry, quien había sido el tecladista de Petra durante más de una década, dejó la banda, y Hartman, citando el deseo de estar más cerca de su familia y centrarse en la composición de canciones, se retiró de las giras. Mientras tanto, Schlitt acababa de lanzar un álbum en solitario. La banda rechazó los rumores de una separación, y Hartman dijo que continuaría escribiendo y haciendo trabajos de estudio con la banda, y entregó casi todas las tareas administrativas de Petra a Schlitt.
Schlitt trajo a Jimmy Cooper para reemplazar a Lawry y a David Lichens para ocupar el lugar de Hartman en la gira. La nueva alineación se estableció para grabar “No Doubt”, un esfuerzo concertado para llegar a un público más joven que ya no estaba interesado en el hard rock que había convertido a la banda en la más grande de la historia de la música cristiana.
Las ventas mediocres y las críticas tibias, combinadas con los cambios en la alineación, pintaron la imagen de una banda en declive. La rápida partida de Jim Cooper (teclados) y David Lichens (guitarra), junto con el bajista Ronny Cates, no ayudó. Lonnie Chapin reemplazó a Cates en el bajo, mientras que dos miembros de la banda solista de Schlitt, Kevin Brandow (guitarra y teclados) y Pete Orta (guitarra), ocuparon los espacios restantes.
A pesar de la agitación, Petra se preparó en 1997 para lanzar su 16º álbum de estudio, una secuela de su exitoso álbum “Petra Praise”, ocho años antes. “Petra Praise 2: We Need Jesus”, presentó algunas canciones de rock duro, pero puso gran énfasis en las guitarras acústicas, mandolinas, teclados y otros estilos más experimentales. La canción principal, “We Need Jesus”, contó con la voz invitada de Lou Gramm de Foreigner, y aunque el disco alcanzó el número 1 en la lista de álbumes cristianos, las ventas se redujeron notablemente.
Con Orta, Chapin y Brandow establecidos en la banda, Schlitt y Weaver se unieron para producir el próximo álbum de Petra, “God Fixation” (1997). Los tres nuevos miembros tuvieron un amplio reinado para influir en la música mientras escribían canciones con Hartman, lo que condujo a un cambio drástico hacia un sonido de rock mucho más suave. Aunque el álbum fue elogiado por los críticos y nominado para un Grammy, los fanáticos rechazaron el cambio de dirección hacia el rock alternativo.
El contrato de la banda con Word Records estaba llegando a su fin. Para completar el acuerdo de seis discos, la banda volvió a grabar un conjunto de sus mayores éxitos en un formato acústico, incluidas dos nuevas canciones. El álbum, llamado “Double Take” (2000), fue ignorado tanto por Word como por la industria de la música cristiana y se encontró con la antipatía de los fanáticos de la banda, quienes rechazaron la reinvención de algunas de las canciones más queridas de Petra. El álbum fue rechazado en gran parte por críticos y fanáticos por igual, y vendió menos de 40.000 copias.
Después de seis álbumes que abarcaron el pico más alto de Petra y terminaron con la banda en su valle más bajo, la banda y su sello se separaron. Sus intereses comenzaban a ir en diferentes direcciones. Con el futuro de la banda nuevamente incierto, Petra recibió el mayor reconocimiento de la Asociación de Música Gospel como la primera banda de rock en ingresar al Salón de la Fama de la Música Gospel. Sin embargo, poco después, mientras Petra continuaba buscando un nuevo sello, la banda experimentó otra agitación masiva cuando el nuevo miembro, Trent Thomason (teclados), dejó la banda después de un corto período debido a la falta de fechas en vivo. Poco después, Chapin y Orta también se fueron. Una vez más, solo Schlitt y Weaver quedaron como los rostros de Petra.